Trước đây khi mới thành lập là trường Trung học Bồ Đề thuộc Giáo Hội Phật giáo Việt Nam tỉnh Khánh Hòa, nơi đào tạo văn hóa choTăng, Ni trẻ, và học sinh Nha Trang - Khánh Hòa.

- Hiệu trưởng: Thượng tọa Thích Phước Sơn.


Từ tháng 5 năm 1975, miền Nam được hoàn toàn giải phóng, Tổ quốc thống nhất, trường Trung học Bồ Đề Nha Trang, được đổi tên là trường THCS Phương Sơn 2 Nha Trang.

- Hiệu trưởng: Thầy Võ Dự

    - Hiệu phó: Thầy Lê Khắc Dụ

Đến năm 1995, theo chủ trương của Sở GDĐT Khánh Hòa các trường học mang tên danh nhân, Trường THCS Phương Sơn 2 đổi tên là THCS Phan Sào Nam từ ấy đến nay.

Ban Giám hiệu trường THCS Phan Sào Nam qua các thời kỳ:

1. - Hiệu trưởng: Thầy Cao Bá Hoạt

        - Hiệu phó: Cô Nguyễn Thị Phương

       - Hiệu phó: Thầy  Nguyễn Phương

2. - Hiệu trưởng: Cô Nguyễn Thị Hòa

              Hiệu phó: Thầy Nguyễn Thưởng

3. - Hiệu trưởng: Thầy Trương Sung

              Hiệu phó: Thầy Nguyễn Văn Minh                    

4. - Hiệu trưởng: Cô Mai Xuân Lan

            Hiệu phó: Thầy Nguyễn Văn Minh 

5. - Hiệu trưởng: Cô Lê Thị Hải Hòa

              Hiệu phó: Thầy Nguyễn Văn Minh

6. Ban giám hiệu trường THCS Phan Sào Nam hiện nay:

         - Hiệu trưởng: Cô Lê Thị Hải Hòa